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Par six arrêtés adoptés en août et septembre 2019, la ministre de la transition écologique et solidaire a listé, pour chaque collectivité et territoire ultramarin régi par le Code de l’environnement, la liste des habitats naturels pouvant faire l’objet d’un arrêté préfectoral de protection des habitats naturels.

Le 3 décembre 2017 a été publié, au Journal Officiel de la République Française, l’arrêté ministériel du 27 octobre 2017 relatif à la liste des espèces végétales protégées dans le département de La Réunion. L’arrêté retient 238 espèces végétales pour lesquelles la mise en place de mesures de protection réglementaire et une surveillance accrue sont jugées nécessaires.

Le fonctionnement des comités de l'eau et de la biodiversité dans les départements d'outre-mer, instances créées par la loi n° 2016-1087 du 8 août 2016 pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages en remplacement des comités de bassin est défini par le décret n° 2017-401 du 27 mars 2017 relatif à la gouvernance de l'eau et de la biodiversité dans les départements d'outre-mer. 

Les espèces exotiques envahissantes sont reconnues par la Convention sur la diversité biologique (CDB) comme la troisième cause de l’appauvrissement de la biodiversité mondiale. Elles sont favorisées par les perturbations et les pressions anthropiques (dégradation environnementale, commerce international, changement climatique…)

Par un arrêt du 27 juillet 2016 (req. n° 378327), la Haute Assemblée rejette la requête formulée contre le décret n° 2014-49 du 21 janvier 2014 portant approbation de la charte du Parc national de La Réunion.

Par une ordonnance n° 2016-391 du 31 mars 2016 et un décret n° 2016-781 du 10 juin 2016, l’essentiel des dispositions du Code rural et de la pêche maritime relatives à l’outre-mer ont été recodifiées.

Aux termes du contrat d'objectifs et de performance de l'Office National des Forêts publié le 7 mars 2016 pour les années 2016 à 2020, il est prévu d’adapter la gestion de l'ONF aux spécificités des départements d'outre-mer.

Comme pour la métropole, les plans de gestion des risques d'inondation (PGRI) ultramarins ont été approuvés entre octobre et novembre 2015. Pour la Guadeloupe, la Guyane, la Martinique, la Réunion et Mayotte, ils ont été publiés au Journal Officiel le 22 décembre 2015.

Par cinq arrêtés de novembre et décembre 2015, les préfets de bassin ont approuvé les schémas directeurs d'aménagement et de gestion des eaux et les programmes pluriannuels de mesures associés pour le cycle 2016-2021 de La Réunion, la Martinique, la Guadeloupe, Mayotte et la Guyane.