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Par un arrêt du 5 février 2020, le Conseil d’État ordonne aux ministres de modifier les arrêtés du 17 janvier 2018 fixant la liste des mammifères terrestres représentés dans le département de la Guadeloupe, de Saint-Martin et de Martinique en ce qui concerne deux espèces de chiroptères : le Molosse commun et le Tadaride du Brésil.

Seul le Dynaste hercule était jusqu’alors protégé en Guadeloupe. Par un arrêté du 24 janvier 2020, se sont ajoutés à cette liste une abeille, la Mélipone de Guadeloupe (Melipona variegatipes Gribodo) et une libellule, la Protoneure de Romane (Protoneura romanae).

Après les six premiers arrêtés ministériels de février 2018 concernant la prévention de l’introduction et de la propagation des espèces exotiques envahissantes pour les départements de la Guadeloupe, de la Martinique et de La Réunion, d’autres arrêtés sont venus compléter le dispositif en 2019.

Dans les Antilles françaises, les arrêtés ministériels qui fixaient la liste des reptiles et amphibiens protégés dataient du 17 février 1989. Anciens, ils ne prenaient pas en compte les aspects plus récents de protection des habitats des espèces visées et de perturbation intentionnelle. Ces arrêtés ont donc été abrogés et remplacés par trois arrêtés de septembre 2019 et janvier 2020.

Par six arrêtés adoptés en août et septembre 2019, la ministre de la transition écologique et solidaire a listé, pour chaque collectivité et territoire ultramarin régi par le Code de l’environnement, la liste des habitats naturels pouvant faire l’objet d’un arrêté préfectoral de protection des habitats naturels.

Le passage des ouragans IRMA et MARIA en Guadeloupe et à Saint Martin a entraîné des impacts significatifs sur la faune sauvage et ses habitats. Au vu de l’urgence de la situation et des exigences de protection du patrimoine naturel, le Préfet a adopté des mesures de gestion exceptionnelles de la faune sauvage.

Par un arrêté du 25 avril 2017, la Ministre chargée de l’environnement fixe la liste de seize coraux protégés en Guadeloupe, en Martinique et à Saint-Martin et les modalités de leur protection.L’arrêté fait suite à la 8ème conférence des parties du protocole aires et espèces protégées (SPAW) de la convention de Carthagène pour la protection et la valorisation du milieu marin de la Caraïbe

Le fonctionnement des comités de l'eau et de la biodiversité dans les départements d'outre-mer, instances créées par la loi n° 2016-1087 du 8 août 2016 pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages en remplacement des comités de bassin est défini par le décret n° 2017-401 du 27 mars 2017 relatif à la gouvernance de l'eau et de la biodiversité dans les départements d'outre-mer. 

Par un décret du 8 mars 2017 et un arrêté du 2 mai 2017, sont fixées des conditions d'exonération à l'obligation d’équiper certains navires battant pavillon français d'un dispositif de partage des positions visant à éviter les collisions des navires avec les cétacés, dans les sanctuaires marins Pelagos (Méditerranée) et Agoa (Antilles).