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Par six arrêtés adoptés en août et septembre 2019, la ministre de la transition écologique et solidaire a listé, pour chaque collectivité et territoire ultramarin régi par le Code de l’environnement, la liste des habitats naturels pouvant faire l’objet d’un arrêté préfectoral de protection des habitats naturels.
Le fonctionnement des comités de l'eau et de la biodiversité dans les départements d'outre-mer, instances créées par la loi n° 2016-1087 du 8 août 2016 pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages en remplacement des comités de bassin est défini par le décret n° 2017-401 du 27 mars 2017 relatif à la gouvernance de l'eau et de la biodiversité dans les départements d'outre-mer.
Par une ordonnance n° 2016-391 du 31 mars 2016 et un décret n° 2016-781 du 10 juin 2016, l’essentiel des dispositions du Code rural et de la pêche maritime relatives à l’outre-mer ont été recodifiées.
Aux termes du contrat d'objectifs et de performance de l'Office National des Forêts publié le 7 mars 2016 pour les années 2016 à 2020, il est prévu d’adapter la gestion de l'ONF aux spécificités des départements d'outre-mer.
Comme pour la métropole, les plans de gestion des risques d'inondation (PGRI) ultramarins ont été approuvés entre octobre et novembre 2015. Pour la Guadeloupe, la Guyane, la Martinique, la Réunion et Mayotte, ils ont été publiés au Journal Officiel le 22 décembre 2015.
Dans le cadre de l'accession de Mayotte au statut de département et de région ultrapériphérique de l’Union européenne, la législation applicable au département devait être rapprochée de la législation applicable en métropole ou dans les autres collectivités relevant de l'article 73 de la Constitution et mise en conformité avec le droit de l'Union européenne.
Par cinq arrêtés de novembre et décembre 2015, les préfets de bassin ont approuvé les schémas directeurs d'aménagement et de gestion des eaux et les programmes pluriannuels de mesures associés pour le cycle 2016-2021 de La Réunion, la Martinique, la Guadeloupe, Mayotte et la Guyane.
Par un règlement n° 1143/2014 du 22 octobre 2014, l’Union européenne prévoit un ensemble de mesures relatives à la prévention et à la gestion de l'introduction et de la propagation des espèces exotiques envahissantes, en particulier dans les régions ultrapériphériques.
La loi n° 2015-1268 du 14 octobre 2015 d'actualisation du droit des outre-mer prévoit quelques dispositions éparses relatives à la protection de l'environnement outre-mer.