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Par deux arrêtés du 25 octobre 2016, le Premier Ministre établit la liste des missions en mer incombant à l'État dans la zone maritime de Polynésie française et en Nouvelle Calédonie. Les îles Wallis et Futuna sont également concernées par ces missions.
Par un arrêté n° 2016-407 du 1er septembre 2016 (JOWF 15 septembre 2016, p. 16149), le Préfet, administrateur supérieur des îles Wallis et Futuna crée une liste des espèces exotiques envahissantes ou nuisibles à Wallis et Futuna.Adopté sur le fondement des articles E.213-1 et suivants du Code de l’environnement de Wallis et Futuna, l’arrêté distingue deux catégories d’espèces.
Par une ordonnance n° 2016-391 du 31 mars 2016 et un décret n° 2016-781 du 10 juin 2016, l’essentiel des dispositions du Code rural et de la pêche maritime relatives à l’outre-mer ont été recodifiées.
La loi n° 2015-1268 du 14 octobre 2015 d'actualisation du droit des outre-mer prévoit quelques dispositions éparses relatives à la protection de l'environnement outre-mer.
A la demande de Madame la ministre de l’Écologie, du Développement durable et de l’Énergie dans le cadre des travaux de préfiguration de l’Agence française pour la biodiversité, Serge Letchimy et Victorin Lurel ont animé le réseau des partenaires de l’Agence française pour la biodiversité outre-mer et rendu, en juin 2015, un rapport : « Quelles déclinaisons de l’Agence française pour la biodiversité dans les Outre-mer ? ».
La lutte contre les pollutions maritimes dans les eaux françaises des îles de Wallis-et-Futuna incombe au haut-commissaire de la République en Nouvelle-Calédonie, délégué du gouvernement pour l’action de l’État en mer. Mais la distance de 2100 km entre les îles de Wallis-et-Futuna et la Nouvelle-Calédonie impose une organisation particulière.
Engagé par le Gouvernement selon la procédure accélérée, un projet de loi de modernisation du droit de l’outre-mer sera prochainement débattu au Sénat.
Certaines collectivités ont d’ores et déjà émis leur avis sur le projet de loi sur la biodiversité, mais aucune tendance générale ne s’en dégage.
Prévue antérieurement dans les seuls domaines de l'eau, de la pêche en eau douce et des parcs nationaux, la transaction a été étendue à l'ensemble des infractions prévues par le code de l'environnement par l'article L. 173-12 de ce code par le décret n° 2014-368 du 24 mars 2014.